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Elfen Lied parla di Lucy, un diclonius, una razza che si distingue dagli umani per la presenza di due corni sul capo; inoltre possiedono dei vettori sulla schiena, delle braccia invisibili, di lunghezza variabile, in grado di esercitare una forza mostruosa su oggetti ed esseri viventi.
Per questo sono considerati come una minaccia e vengono rinchiusi in dei bunker militari strettamente sorvegliati.
Ma un giorno qualcosa va storto, Lucy riesce a fuggire dalla sua cella lasciandosi alle spalle decine di morti ma, nel momento in cui stava per uscire dallo stabilimento, viene colpita alla nuca da un cecchino facendola cadere in acqua.
Il giorno dopo arriva in città un giovane studente, Kouta che lì incontra sua cugina Yuka che non vedeva da 8 anni...quel giorno passeggiando sulla spiaggia si imbattono in una misteriosa ragazza con le corna, capace di pronunciare solo "nyu"...Lucy
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